Kirchen müssen, dies zeigen die vorangegangenen Abschnitte, immer wieder überholt und gepflegt werden. In den Jahren 1992/93 erfolgte eine erneute Aussenrenovation. In diesem Zusammenhang rückte auch die reparaturbedürftige Orgel ins Zentrum des Interesses. Hatte man 1969/70 bei der Erneuerung der Orgel geglaubt, den idealen Standort durch den seitlichen Einbau im Chor gefunden zu haben, zeigte die Praxis, dass das Begleiten des Gesangs oder das Musizieren mit einem grösseren Vokal- oder Instrumentalensemble durch den mangelnden Sichtkontakt zwischen Organist und Sängern äusserst schwierig war.

Nach vielen Abklärungen und intensiven Gesprächen schlug daher die Kirchenpflege der Kirchgemeinde anstelle der Revision der bisherigen Orgel ein neues Instrument vor und zwar an einem neuen Standort, vorn links im Kirchenschiff. Auf diese Weise konnten der Chor und das schöne Fenster mit dem Lebensbaum in ihrer Wirkung erhalten blieben. Die ausser-ordentliche Kirchgemeindeversammlung von Fehraltorf hiess am 5. April 1993 das Orgel-Neubauprojekt des Zumiker Orgelbauers Ferdinand Stemmer gut. In der Zeit von Dezember 1995 bis Juli 1996 entstand, von vielen Fehraltörflern mit Interesse verfolgt, ein Schmuckstück kunsthandwerklichen Könnens, das heute weit über die Grenzen der Region hinaus Beachtung gefunden hat.

So präsentiert sich denn unsere schmucke Kirche in einem hervorragenden inneren und äusseren Zustand, bereit, einer lebendigen Gemeinde als Ort vielfältiger Verkündigung des Wortes Gottes zu dienen.