Der neue Glockenstuhl musste bereits 1899 ausgebessert werden. Risse im Gemäuer legten indessen legten nahe, eine Gesamtrenovation der Kirche ins Auge zu fassen. Damit setzte eine Bauperiode ein, welche die bis zu jenem Zeitpunkt wenig berührte mittelalterliche Bausubstanz grossenteils ersetzte. Aus Geldmangel entschloss man sich 1902, es einstweilen bei einer Innenrenovation zu belassen. Dabei stiess man auf einen umfangreichen Zyklus mittelalterlicher Gemälde. Die freigelegten Fresken wurden zwar von einem Zürcher Professor besichtigt und dann - ohne Dokumentation – wieder übertüncht.

Nach Abschluss der ersten Renovation von 1902 wurde bald erkennbar, dass eine Gesamterneuerung der Kirche unumgänglich war. Die Empore von 1780 zum Beispiel war so schadhaft geworden, dass bei hohem Kirchbesuch ihr Einsturz drohte. So begann 1906, nach Plänen von Rittmeyer & Furrer, Winterthur, der Umbau der Kirche mit dem Abbruch der Westwand und der seit 1780 bestehenden, aber längst einsturzgefährdeten Empore. Ersetzt wurde die Westseite durch eine Art Westquerseite mit Empore. Rittmeyers Dekorationsentwürfe lehnte indessen die Kirchgemeinde einhellig ab, auch sein Turmprojekt fand vorerst keine Gnade.

1910 wurde beschlossen, einen neuen Glockenstuhl für ein fünfteiliges Geläut zu bauen. Als die Bauarbeiten bereits vergeben und auch der Fünfklang des neuen Geläuts, C, es, f, as, c, feststand, erregte ein Gutachten des Kantonsbaumeisters Fietz die Fehraltorfer Gemüter, wonach der bestehende Turm das neue Gewicht der Glocken nicht zu tragen vermöge! Der anhebende Turmstreit wurde gelöst, indem man den Rittmeyerschen Plan von 1905 wiederbelebte und den gesamten Turm abgebrochen wurde. Der neue Turm war nun 5 m höher und betrug nun 24,50 m. Da gleichzeitig die Mauerstärke von 1.70 m auf 1.20 m zurückgenommen werden konnte, gewann der Chor je einen Meter an Länge und Breite. Gegen Ende des Jahres 1911 lieferte die Firma Rüetschi aus Aarau die neuen Glocken von beinahe 6 Tonnen und am Sylvester 1911 erfolgte die Glocken- und Turmweihe.

Das obenstehende Bild zeigt, dass nur das kurze, bereits 1780 umgebaute Langhaus der dritten Kirche, aus der vorreformatorischen Zeit erhalten blieb. Weder der romanische Turm, noch der Holzvorbau mit der Empore Bluntschlis von 1780 überlebten die Renovationen. Indessen suchten die Architekten zwischen den Formen der Zeit eine Einheit von Alt und Neu, die wieder als harmonisches Ganzes zu befriedigen vermochten. Wenn der Kirchturm nun fünf Meter höher und massiger erschien, lag dies wohl nicht zuletzt am Schulhausbau in unmittelbarer Nähe aus dem Jahre 1836, der doch eine Einbusse der ursprünglichen Baugruppe Kirche-Pfarrhaus-(Gemeindehaus)-Gasthof "Hecht" bewirkt hatte.